Numa época onde as nações lutavam por terras e direitos, as organizações não eram formadas por vários clãs e famílias como hoje em dia, mas como clãs individuais e independentes. Essas nações contratavam esses clãs individualmente para suas guerras pagando valores altíssimos aos clãs, mas dentre os vários clãs que existiam, dois eram temidos e considerados os mais poderosos: o clã Uchiha e o clã Senju.

Madara Uchiha nasceu dentro do clã Uchiha, cresceu em constante treinamento juntamente com o seu irmão

Madara jovem

mais novo, Izuna Uchiha onde ambos eram conhecidos como os prodígios do clã Uchiha. Despertaram o Sharingan, ainda muito novos e com um árduo treinamento ambos conseguiram um poder que ninguém jamais vira, o Mangekyou Sharingan, e logo foram reconhecidos por todo clã como sendo os mais fortes de todo clã Uchiha, Izuna e Madara Uchiha chegaram ao topo do clã, onde Madara se tornou o líder do clã Uchiha.

Nos anos que se seguiram, o clã Uchiha se viu em várias batalhas com o igualmente e poderoso clã Senju, se uma nação contratasse os Uchihas a nação rival contratava os Senju, o clã dos Uchiha era o único clã capaz de lutar contra eles.

Mas devido ao uso excessivo do Mangekyou Sharingan Seu Pau Ficou Mole Para Sempre, Madara viu a luz virar escuridão, Madara viu que esse novo poder tem um preço, ele tentou de tudo para voltar à luz, mas de nada adiantou, então em um ato de desespero Madara arrancou os olhos de seu irmão Izuna que segundo o próprio Madara seu irmão doou seus olhos para o bem do clã, para que Madara pudesse proteger o clã. A luz voltou para Madara e um novo poder se revela o Eternal Mangekyou Sharingan. Com esse novo poder, Madara facilmente pode controlar cada clã ninja que os Uchihas encontravam pelo seu caminho, ele foi aclamado como o ninja mais poderoso do mundo. Para por um fim aos sangrentos combates travado pelos clãs, o líder do clã Senju, Hashirama Senju propõe ao clã Uchiha uma oferta de paz. Embora Madara nunca quisesse a paz com o clã Senju, dizendo que seu irmão sacrificou seus olhos para o bem do clã, todas a lutas que travaram foram em vão, ele não podia aceitar isso, mas o resto do clã Uchiha queria acabar com as batalhas travadas entre os dois clãs e Madara como líder do clã não tinha outra escolha senão aceitar a decisão do resto de seu clã. Após a aliança entres os dois clãs à nova organização foi empregada pelo país do fogo para ajudar a estabilizar as fronteiras, e assim teve inicio o sistema de se ter uma vila oculta por país, assim se formou a Vila Oculta da Folha do País do Fogo, com a união dos Uchihas e Senjus.

Foi decidido que Hashirama seria o Primeiro Hokage, ele teve apoio de todo o País do Fogo. Madara temia que Hashirama traísse o clã além de diminuir o poder dos Uchihas na vila, ele como líder dos Uchihas sabia que o único modo de proteger o clã era confrontar Hashirama, mas os Uchihas não deram ouvidos a ele, disseram que Madara queria ascender as antigas chamas da guerra, ao invés de ajudá-lo, o clã virou as costas a ele, acreditando que a sua única motivação era a ganância. Madara abandonou a Vila Oculta da Folha por se sentir traído pelo seu próprio clã.

Mas Madara disse assumir um papel de vingador e desafiou a Vila Oculta da Folha sozinho, o ataque resultou em uma luta contra Hashirama. Controlando a Raposa de Nove Caudas, Madara luta contra Hashirama em uma luta épica, mas acaba sendo derrotado, o local onde aconteceu a luta ficou conhecido por "O Vale do Fim", onde há duas estátuas uma de Madara e outra de Hashirama. Todos acreditavam que ele havia morrido e Madara foi esquecido por todos na história.

Para que ninguém seguisse os passos de Madara, o irmão mais novo de Hashirama, Tobirama Senju em sinal de boa fé deu aos Uchihas a posição de polícia de Vila Oculta da Folha, mas isso era apenas para vigiá-los, para mantê-los fora dos assuntos do governo, alguns Uchihas notaram o que estava acontecendo e pensaram em começar uma rebelião, mas já era muito tarde.

A "Herança" do Ódio

Madara em sua conversa com Naruto, conta a verdade sobre Itachi e que Sasuke vai trazer ódio a Vila Oculta da Folha, essa é a maldição de Sasuke, Madara explica que, essa maldição de ódio começou há muito tempo com o Sábio Eremita dos Seis Caminhos o Rikudou Sennin ele estava tentando trazer paz ao mundo, mas seu tempo estava chegando ao fim, ele confiou a seus dois filhos os poderes e a vontade do caminho ninja pela paz, o mais velho ele "nasceu" com os olhos do Rikudou Sennin e foi presenteado com um chakra poderoso e energia espiritual, ele acreditou que a força era a chave para a paz, e ao mais novo, "nasceu" com o corpo do Rikudou Sennin e lhe foi presenteado com força vital e energia física, ele acreditava que o amor era a chave para a paz. Em seu leito de morte o Sábio teve que escolher um sucessor e ele escolheu o filho mais novo, o mais velho não pode aceitar isso, acreditando que ele deveria ser o escolhido, e ele atacou seu irmão mais novo com ódio, o tempo passou, mas os descendentes desses dois irmãos continuaram a travar uma guerra de ódio, os descendentes do irmão mais velhos foram chamados de Uchihas e o do irmão mais novo de Senju. Madara diz que é o destino de Sasuke e Naruto lutarem, pois ele vê dentro de Naruto o fogo do clã Senju e a vontade de Hashirama dentro de Naruto.